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Sono diversi i tipi di innesto che si possono effettuare sulle piante; la scelta di un tipo piuttosto che di un altro dipende essenzialmente dal periodo dell'anno in cui lo si vuole effettuare, e dalle piante che vanno innestate: ogni singola specie infatti sembra reagire meglio ad alcuni tipi di innesto piuttosto che ad altri. Nelle coltivazioni di frutta italiane si tende a prediligere l'innesto a spacco o a triangolo; il primo è praticamente identico al secondo, se non per la forma delle cavità create nel portainnesto. In particolare l'innesto a spacco è molto utilizzato negli agrumeti, anche in caso di rinnovo di piante già precedentemente innestate. L'innesto a spacco si usa anche con alcune piante ornamentali. Sono particolarmente diffusi anche i cosiddetti innesti a gemma, che permettono di innestare una varietà di pianta sul portainnesto semplicemente inserendo una gemma della varietà prescelta su quella vecchia. Questo tipo di innesto dà buone probabilità di riuscita ed è particolarmente sfruttato con alcune varietà di rose.
Nelle coltivazioni intensive si tende a prediligere la coltivazione solo di alcune varietà specifiche, che in genere sono particolarmente produttive o che producono frutti molto saporiti o grandi. Tramite l'innesto è possibile unire le qualità di una pianta che produce frutti particolarmente apprezzati, con quelli di un'altra molto vigorosa o resistente alle malattie. Questa tecnica agronomica quindi permette di approfittare delle peculiarità di più varietà di piante, unendole in un unico esemplare. Purtroppo non tutte le piante sopportano bene l'innesto o sono favorite in modo particolare da questa pratica, quindi non sempre è possibile effettuarlo. In particolare si possono innestare, in generale, solo piante dello stesso genere, o della stessa famiglia. Tra le piante più innestate con successo ci sono sicuramente le rosacee e, in particolare, le piante da frutto, soprattutto le tante specie e varietà di prunus.
Per chi si avvicina per la prima volta all'innesto in genere è consigliabile scegliere di praticare questa tecnica su una pianta di scarso valore, e che presenti ottime probabilità di riuscita. Tipicamente si preferisce effettuare, in questi casi, almeno 3-4 innesti su un'unica pianta, in modo da aumentare le probabilità di riuscita: in caso di attecchimento anche di una sola marza, le altre potranno essere rimosse, richiudendo le ferite provocate al portainnesto con del mastice specifico. Tra le piante più facili da innestare ci sono le rose e i prunus, in tutte le varietà. Prima di decidere quale pianta innestare è consigliabile considerare che l'innesto porta ad una certa sofferenza qualsiasi pianta, che deve sfruttare tutte le sue energie per permettere che la pratica riesca al meglio. Per questo motivo è sempre meglio selezionare portainnesti e marze in ottimo stato di salute, senza malattie o qualsiasi altra problematica. Per aumentare le probabilità si possono anche acquistare le marze nei vivai specializzati.
Non esiste un periodo giusto per innestare, o uno sbagliato, tutto dipende dalla pianta che deve subire questa pratica e dalla tecnica che si desidera utilizzare. Per l'innesto a triangolo, da effettuare su peri e meli, il periodo migliore è l'inverno; in linea generale l'innesto a spacco si può effettuare quando le piante sono in riposo vegetativo, anche se di solito si preferiscono le settimane appena precedenti alla ripresa vegetativa, quindi febbraio o marzo, a seconda del luogo in cui ci si trova. Molte piante tendono a dare maggiori probabilità di buona riuscita dell'innesto se questo viene effettuato all'inizio della ripresa vegetativa: prima che le gemme gonfino del tutto, ma quando le radici della pianta hanno già ricominciato il loro risveglio dopo l'interno. Per questo motivo l'inizio della primavera è spesso il periodo migliore per innestare, tra marzo e aprile, o in alcuni casi anche fino a maggio.
Purtroppo l'innesto è una pratica agronomica che può manifestare numerose problematiche. La prima riguarda l'effettivo attecchimento delle marze o delle gemme innestate: per una mano esperta l'attecchimento può superare l'80-90%; un neofita invece può andare incontro anche ad un attecchimento inferiore al 20%. Se si è alle prime armi conviene quindi preparare tante marze, e magari anche 2-3 portainnesto, sperando di aumentare le proprie probabilità di successo. Gli innesti effettuati in primavera necessitano di particolari cure colturali, in quanto il portainnesto deve essere mantenuto in ottime condizioni di coltivazione e sviluppo, in modo da favorire anche l'attecchimento delle marze. È bene anche verificare periodicamente che attorno al punto di innesto non si verifichino essudati di linfa, o ristagni di umidità, che possono favorire lo sviluppo di muffe o di pericolosi funghi.
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