Il semenzaio va riempito con del terriccio. È indispensabile realizzare un substrato molto soffice e leggero: le radici tenere del seme devono poter attecchire liberamente per poter successivamente germogliare. Il terreno inoltre deve essere in grado di mantenere costantemente l'umidità. Attenzione deve essere data alla composizione del terriccio: una buona percentuale deve essere data dalla torba, ben setacciata e arieggiata, per assicurare un ottimo drenaggio è possibile inserire sabbia e ghiaia in parti uguali, entrambe permetteranno all'acqua in eccesso di defluire e non ristagnare. Come primo strato da inserire nel semenzaio prima del terriccio è consigliabile usare dello stallatico non maturo, decomponendosi produrrà il calore necessario per spingere i semi a germogliare più velocemente.
Il semenzaio può ospitare semi di diversi tipi di piante, l'importante è creare delle zone ben delimitate tra le diverse tipologie di piante. È difficile distinguerle nella fase del trapianto quando il loro sviluppo è arrivato a pochi centimetri di sviluppo, quindi un cartellino con su annotato la varietà può aiutare a non commettere errori. I semi possono essere seminati a spaglio o appoggiati in modo ordinato. Il primo è il metodo più veloce e pratico, il secondo, invece, permette di distinguere le piantine, anche se richiede di effettuare dei piccoli fori con la punta del dito per creare un letto sicuro al seme. In tutti i casi è necessario setacciare un leggero strato di torba sui semi, ha il compito di proteggerli da un eventuale secchezza del terreno o da raggi del solo troppo diretti.
Il semenzaio ha lo scopo di proteggere i semi nella fase più importante della loro esistenza: germogliare e dare vita ad una nuova pianta. Per riuscire nel suo intento ha necessità che l'umidità al suo interno sia sempre garantita e costante in ogni momento della giornata. È necessario annaffiare regolarmente nelle ore meno calde per permettere al terreno di assorbire l'umidità necessaria a fronteggiare l'aumento della temperatura successiva. Il semenzaio va realizzato in un posto soleggiato, infatti è grazie al sole che le piante potranno svilupparsi. L'esposizione preferibile è verso sud e sud-ovest. In alternativa è possibile scegliere una zona in cui per la maggior parte della giornata ci sia l'illuminazione del sole. Il semenzaio deve essere posizionato in un luogo riparato se viene preparato alla fine dell'inverno quando è possibile che si verifichino ancora delle gelate.
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